根據《中華人民共和國海關法》的規定，進口貨物的收貨人應當自運輸工具申報進境之日起十四日內，出口貨物的發貨人除海關特準外應當在貨物抵運海關監管區后，裝貨的二十四小時以前，向海關申報。一般來說，云南花卉的進出口海關手續需要經過以下程序的運作：
1準備報關單證
進口貨物的收貨人在收到運輸或郵遞公司寄交的“提貨通知單”、出口貨物的發貨人在根據出口合同的規定備齊出口貨物后，應當立即準備向海關辦理其貨物的進出口報關手續或委托專業（代理）報關公司辦理報關手續，填寫《進（出）口貨物報關單》。同時準備好報關必備的以下單證：
1.1 發票一份
1.2 裝箱單一份
1.3 運單一份（進口）
1.4 出口收匯核銷單（出口）
1.5 海關簽發的《進（出）口貨物征免稅證明》
1.6 檢驗檢疫、瀕危物種進出口等主管部門簽發的證件
1.7 報關委托書（自理報關不需要）
2 報關單預錄入
進出口貨物的收、發貨人準備好上述單證后，到昆明市北京路618號海關報關大廳委托有關報關公司將報關單申報的數據錄入電子計算機后，才可以向海關正式遞交《進（出）口貨物報關單》。
3 海關在接受進出口貨物的申報
經過審核報關單據、查驗貨物、依法征收稅費后，對進出口貨物做出結束海關監管的決定，并在有關報關單據上簽蓋“海關放行印章”。進出口貨物的收、發貨人憑此到昆明機場、涼亭貨運站、郵局等海關監管現場辦理提取進口貨物或裝運出口貨物手續。
另外，如需要辦理有關退稅、收付外匯手續的企業，還需要到海關辦理專用退稅、收付外匯報關單的簽發手續，企業憑海關簽發的專用報關單到國家稅務局和國家外匯管理局辦理有關退稅及核銷手續。
目前，對云南省的花卉進出口，根據其鮮、活特點，海關設立了“綠色通道”，采取相應靈活便利措施，做到花卉進出口手續隨到隨驗，節假日和八小時以外時間實現預約制。特殊情況下，對于進出口單證一時不能提供齊備的采取憑保函，用手填報關單的方式先驗放貨物，后補辦有關進出口手續。在一般情況下，辦結海關進出口手續需半天左右時間。
在海關監管區內辦理海關手續時，海關對進出口貨物的收、發貨人不收取任何費用；在進出口貨物的收發貨人要求海關派員到海關監管區以外的地方辦理海關手續時，海關按規定收取規費。
