扁桃在我國的種植生產歷史雖然十分悠久，但發展至今，仍然存在一些問題。和國外扁桃生產大國之間存在不小的差距，主要問題體現在以下幾個方面：
1、缺乏良種
良種不僅應具備性狀穩定、高產、穩產、果熟期短、品質好、抗病蟲和晚霜，同時還要具備果實外觀美、個大、出仁率高、含油量高、易剝殼、風味好等特性。豐產性能突出的良種少是導致扁桃產量長期處于較低水平的主要因素。
2、品種搭配不當 ，結實率低
建園時配置的授粉樹與主栽品種的花期不遇或親和力不強等現象嚴重。據調查，新疆一些扁桃產區的坐果率僅為5%-10%，主要原因是品種搭配不當，導致授粉受精不良，結實率低
3、病蟲害及花期凍害嚴重
4、管理粗放，產量低而不穩，品質差
許多產區，不進行整形修剪，也很少進行土、肥、水管理的，樹勢大多衰弱，產量低而不穩，與世界先進水平存在較大差距，以株產量為例，美國和伊朗扁桃平均產量達到10千克/株，而我國扁桃產區新疆僅為1-2千克/株。
5、采后深加工技術落后
在扁桃采后深加工方面研究很少，造成扁桃的經濟效益沒能得到充分發揮。美國等一些發達國家從我國扁桃產區低價位收購原材料經深加工后又以高價的出口到我國的現象很普遍。由于采后深加工環節薄弱，采后增值率極低。
6、技術力量薄弱 ，研究滯后
目前，專門從事扁桃研究的科研人員少，政府的投資力度不夠。高產栽培技術推廣力度不夠，造成許多扁桃產區的管理水平落后。
