市人大副主任張河潔在審議中“應對填湖行為不留余地，不搞彈性，不開口子。”她建議定下硬性規定：湖泊周邊一定范圍，不允許搞任何開發、不許興建任何建筑。湖泊是武漢不可再生的“寶貝”，對它的保護一定要嚴上加嚴。
修訂草案將原來針對違法填湖和環湖違建者1萬元至5萬元的處罰標準翻了10倍，最高達到50萬元。程一方委員提出，填湖處罰雖有提高，但對湖泊危害巨大的違法排污卻未得到同樣重視。他認為，對違法排污也應大幅提高處罰標準，以達到震懾效果。
審議中，市人大城環委認為，要將條例的保護范圍擴大，不僅要保護166個湖，湖邊的塘、堰、湖汊也都不能“動”。同時還應對湖泊周圍的所有湖邊塘、堰、湖汊等水體進行保護，任何單位與個人都不得擅自侵占、填壓。建議在條例中明確。
審議中，李長安委員認為現在湖泊岸線保護存在誤區。他建議，湖泊岸線原有生態對保護湖泊水質、濕地生態多樣性都很有意義，湖泊保護應該尊重原生態，避免隔絕水體、陸地生態系統的做法。
審議中，不少常委提出，除了激發市民保護湖泊熱情，條例還應明確規定，對于市民對填湖、偷排的舉報，湖泊管理責任部門必須限時到達查處，并公開查處結果。同時，應建立湖泊狀況定期公開制度，定期將湖泊面積、水質等動態變化向公眾公開，供公眾監督。
