花菖蒲是由玉蟬花種內雜交選育獲得的一個鳶尾園藝品種群，在日本已有500多年的栽培歷史，發展于江戶時代，是日本著名傳統花卉之一。其花型典雅、花色清新，無論是盆栽、水植，還是地栽、瓶插，都散發著高貴迷人的氣質，獨具東方魅力，在國際上享有盛名。
花菖蒲精品展示區位于植物大樓室內展廳，以“花菖蒲浮生三記”為題，通過“初相見、漸相識、終相伴”三個篇章，以室內精品盆栽、精美插花和藝術作品等表現手法為載體，集中展示了江戶、肥后、伊勢和長井等4大系列品種及眼影鳶尾。其中，精品盆栽區域展示了‘雪且見’、‘綾部’、‘滿月之戀’、‘華紫’、‘長井初紅’、‘軍船’等花菖蒲品種，包括粉、白、紫、藍紫、黃、褐和紫褐等各式花色，通過盆栽陳列展示的形式，令參觀者能近距離觀賞到花菖蒲“一枝獨秀”的卓越之美，還能深入了解花菖蒲栽培歷史、文化淵源、品系鑒賞和栽培要點，這在國內花菖蒲展中屬首次。
植物大樓南側親水平臺、曲橋及周邊水域構成花菖蒲水景應用區，共展示各類花菖蒲品種近3000盆。布置方式由近及遠，迷你水景花園設計精巧，將‘藤絞’、‘湖水之祭里’、‘山紅葉’、‘長井白’、‘長井小紫’、‘長井山紫水明’、‘月夜野’、‘初紫’等花菖蒲新優品種與睡蓮、水蔥、花葉蘆竹、千屈菜、菖蒲、香蒲、梭魚草、香菇草、燈心草和澤苔草等水生植物相配置，色彩豐富、層次分明，展現了花菖蒲在家庭園藝和小型水體中的應用。
曲橋兩側花菖蒲水景則蜿蜒曲折、溫婉動人，其構思來源于《詩經·秦風·蒹葭》中的“所謂伊人，在水一方”。大型水景則采用水上浮床的展示形式勾勒出花菖蒲柔美的輪廓，形成一朵飄逸的水中花。
花菖蒲花境應用區位于植物大樓南草坪至棕櫚區水體沿岸，展現了花菖蒲在花境中的應用形式。在河道兩側岸邊的狹長空間中，以各色花菖蒲及其他鳶尾屬植物為主體，并點綴少量宿根植物和小型花灌木，營造出別樣的花菖蒲花境。
大型水景采用水上浮床的展示形式，勾勒出花菖蒲柔美的輪廓，形成一朵飄逸的水中花。
花菖蒲水景應用區，依地形打造蜿蜒曲折的游覽路線，移步異景，為游客帶來不一樣的觀景體驗。
花菖蒲花境應用區以鳶尾屬植物為主體，點綴宿根植物和小型花灌木，營造別樣的花菖蒲花境。
