馬蹄蓮根腐病多在馬蹄蓮臨近開花時發生，嚴重影響生產效益。馬蹄蓮根腐病的主要癥狀為：一般是植株下部或外層葉片最先變褐枯萎，病害不斷向內層葉片發展、蔓延。已開放的花，其頂端變褐色，有時這種褐色可一直發展到葉柄和花梗，花姿畸形。如將病株拔起，可見到很多根系已腐爛，剩下的根呈水漬狀軟腐，僅留下表皮，呈中空管狀。病害從吸收根逐漸向根狀莖蔓延，最后根狀莖呈海綿狀干腐。
馬蹄蓮根腐病主要是由真菌中的隱地疫霉菌侵染引起的。病菌在土壤內存活，是一種由土壤傳播的危害，簡稱土傳播病害。
目前防治馬蹄蓮根腐病有以下兩種常用方法：
方法1、根狀莖消毒。徹底切除根狀莖上的病斑，待干燥后，再用50攝氏度溫水浸泡1小時，或用1%過乙酸溶液浸泡10分鐘后再栽植。經過消毒處理的根狀莖比未經處理的開始生長較慢，因此，最好提前半個月種植。
方法2、土壤消毒。病土和盆缽須熱力滅菌后，方能再用。也可用70%土菌消可濕性粉劑配成0.4%濃度噴灑土壤，但必須在種植前處理。
