君子蘭的病害有十幾種，其中最常見的就是爛根和紅斑病。
爛根是君子蘭的常見病也是多發病，主要癥狀表現為：葉片從葉端開始發黃、不長新葉或者新葉剛一露頭就呈黃色。查看盆土我們發現有不同程度的爛根病態。此病的原因多數是環境溫度高、水分過大、容器與土壤通透性能不好造成，也可能是栽培時病菌從斷根傷口處感染引起。所以發病時間一般在夏季。
預防方法一：采取降溫，通風處理，此外還應合理澆水、停止施肥、采用瓦盆栽植、經常疏松土壤；
預防方法二：在植株栽培前對根莖進行消毒處理。
爛根的治療辦法：從盆中取出植株，除掉泥土，清除爛根，用高錳酸鉀溶液洗根；再用草木灰或木炭末涂抹傷口。
如爛根不到三分之一，可采取更換新土的方法，半月之內控制澆水量，一般兩個月左右即可根治；
如爛根約有半數，可采用經開水燙過的細砂栽培，此辦法可以有效促進新根的生長；
如根系全部爛掉，經防腐處理后，用細砂扦插，如養護得好，仍可以重新生根發葉。
紅斑病一般發生在多雨季節。
防治方法一：合理澆水施肥，注意通風透光；
防治方法二：在雨季到來之前，采用 65％代森鋅600倍稀釋溶液進行噴灑；
防治方法三：紅斑病發病初期，采用50%多菌靈或50%托布津500~800倍稀釋溶液，連噴2、3次，即可奏效。
