人類的活動會使大量的工業、農業和生活廢棄物排入水中，使水受到污染。水污染可根據污染雜質的不同而主要分為化學性污染、物理性污染和生物性污染三大類，基本上以化學性污染為主。具體污染雜質有無機污染物質、無機有毒物質、有機有毒物質、植物營養物質等。而對于這些污染物的清除中，水生植物起著非常重要的作用。 水生植物指生理上依附于水環境、至少部分生殖周期發生在水中或水表面的植物類群。水生植物大致可區分為四類：挺水植物、沉水植物、浮葉植物與漂浮植物。而大型水生植物是除小型藻類以外所有水生植物類群。水生植物是水生態系統的重要組成部分和主要的初級生產者，對生態系統物質和能量的循環和傳遞起調控作用。它還可固定水中的懸浮物，并可起到潛在的去毒作用。水生植物在環境化學物質的積累、代謝、歸趨中的作用也是不可忽視的。用水生植物來監測水生污染、對污染物進行生態毒理學評價及其進入生物鏈以后的生物積累、修飾和轉運，對植物生態的保護和人畜健康方面有非常重要的意義.
水生植物能夠不同程度地清除被污染水體的氮、磷，重金屬及有機污染物，并在污水治理中得到了廣泛的應用。通過分析水生植物對水中氮、磷等營養元素和污染物的吸收及分解作用，可選擇不同的水生植物及其組合來適應不同的受污染水體。還可通過控制水生植物的數量來調控凈化能力的大小，以修復受污染水體并保持水質。
科學的管理和轉化利用是治理的關鍵。如適量的水葫蘆生長有利于水質的凈化，在水葫蘆長到適當的時候就需要適時打撈，并通過發酵轉化等后續技術將之轉化利用，防止其腐爛造成的二次污染。沉水植物的治理對湖泊生態系統有著重大影響，但如果缺乏反饋機制結果會更惡劣 ，因為大量的沉水植物的生長也會帶來負面影響。對過多的大型植物生長可采用機械收割、沖刷、抽干等措施。